MediaLab Love Chapter 2

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調べると、NppExecのバージョンが0.3 beta1から出力される文字コードが設定できるようでした。

v0.3 beta1 - November 2008
+ full Unicode compatibility (for Unicode version of Notepad++)
+ additional functionality
+ improvements in the script engine (architecture re-design)
+ improvements in the warning analyzer (spaces/tabs can be omitted)
+ other improvements and fixes
+ now NppExec gets its configuration directory from Notepad++
+ now you can exit a console process or interrupt current script at any time
+ now both Console Output and Input can be ANSI, OEM or UTF-8
+ now each copy of NppExec.dll has its own Console History
+ new option: Follow $(CURRENT_DIRECTORY)
+ new command: NPP_CONSOLE
+ new environment variable: $(PLUGINS_CONFIG_DIR)

自分の使っていたEUC-JP対応版 V5.1.2に付属してくるのはそれより古いバージョンだったので、設定できなかったというわけです。

なお、ちなみにプラグイン→NppExec→Console Outputで設定変更ができます。